De formation classique, Isabelle Duthoit s’oriente très tôt vers les musiques d’aujourd’hui. Au CNSMD de Lyon, elle participe à de nombreux projets autour de la musique contemporaine et travaille régulièrement avec les jeunes compositeurs du département SONUS (composition et électroacoustique) avec lesquels elle crée de nombreuses pièces.
Depuis 1992, elle joue la musique contemporaine en travaillant avec différents ensembles tels l’atelier Instrumental du XXème siècle dirigé par Gilbert Amy, l’Ensemble InterContemporain puis l’Ensemble Itinéraire.
Elle rencontre de nombreux compositeurs (Georges Aperghis, Klaus Huber, Gilbert Amy, Kasper Toeplitz, Daniel D’Adamo, Vinko Globokar, Francesco Filide, Georges Crumb, Pascal Dusapin...)
Elle interprète des pièces de Berio, Xenakis, Schœnberg, Fedele, Boulez, Dallapiccola ... et joue dans divers festivals avec des interprètes tels que Alain Neveux, Sonia Wieder-Atherton, Raphaël Oleg, Christophe Roy, Gérard Wiess, Jacques Di Donato, Sonia Khochafian...)